核酸与蛋白质等大分子向固相支撑膜的转移称为印迹。通过凝胶电泳分离的DNA和RNA分子的片段分别在称为Southern和Northern印迹的过程中转移到尼龙或硝酸纤维素膜上。Southern印迹由Edwin Southern于1975年推出,是一种检测DNA样品中特定DNA序列的方法。基于该方法出现的其他印迹技术被称为Northern印迹(用于RNA)、Western印迹(用于蛋白质)、Eastern印迹(用于翻译后蛋白质修饰)和Southwestern印迹(用于DNA-蛋白质相互作用)。
Southern和Northern印迹实验方案包括以下主要步骤:
DNA/RNA的纯化:从细胞或组织来源中提取和纯化DNA/RNA。
消化DNA:用限制酶把DNA消化成片段。RNA不需要该步骤。
凝胶电泳:在琼脂糖凝胶上分离DNA片段。RNA样品可以在琼脂糖凝胶上用甲醛分离,甲醛作为限制RNA分子二级结构的变性剂。
转膜:将DNA/RNA片段从凝胶转移到尼龙膜上。
预杂交(封闭):用含有鲑鱼精子DNA的预杂交溶液清洗尼龙膜,以封闭非特异性DNA相互作用并降低背景噪音。
探针的制备:准备新的探针DNA并用32Pα标记的dCTP标记。
杂交:用标记的探针孵育印迹。
探针的检测:在-80°C下曝光胶片,检测探针和目标DNA/RNA序列。
DNA/RNA印迹操作程序中的步骤
Southern印迹实验方案
材料
—用于DNA分离和纯化的试剂
—用于限制性消化DNA的试剂
—琼脂糖凝胶电泳的试剂和缓冲液
—琼脂糖凝胶电泳仪
—Whatman滤纸
—纸巾
—带正电荷的尼龙膜
—杂交管
—X光胶片
缓冲液
—10X TBE,用于凝胶电泳。对于较大的DNA片段,可以使用TAE缓冲液代替TBE。
—20X SSPE,用作预杂交和转膜缓冲液。在类似的印迹实验方案中,可以使用20X SSC()代替SSPE。
—变性溶液,用于使dsDNA变性,以使其与探针结合。
—中和溶液,用于在变性dsDNA后中和凝胶。
—Denhardt溶液,在预杂交过程中用于封闭非特异性DNA杂交。
—2X预杂交溶液,用于准备探针杂交所用的膜。
—1X探针缓冲液,用于探针混合物。(现制备,100μL,1 M TRIS,pH 7.6 50μL,2 M MgCl2 5μL,0.5 M DTT 10μL,水35 μL)
—1X探针混合物(27μL,探针缓冲液 2.7μL ,寡核苷酸探针(0.2μg/μL)2μL,T4磷酸核苷酸激酶(PNK)1μL,水11.3μL ,32P-ATP 10 µL)
—6X低苛性洗涤溶液,用于去除低同源性杂交并降低背景噪音。(600 mL洗涤溶液,20X SSPE 180 mL,10% SDS 12 mL,水408 mL。)
—1X高苛性洗涤溶液,用于去除紧密同源杂交,并进一步降低背景噪音。(600 mL洗涤溶液,20X SSPE 30 mL,10% SDS 12 mL,水558 mL。)
DNA分离
—通用型DNA提取试剂盒(PS1356)
—植物基因组DNA提取试剂盒(PS1357)
—多糖多酚植物基因组DNA提取试剂(PS1358)
—真菌基因组DNA提取试剂盒(PS1359)
—酵母基因组DNA提取试剂盒(PS1360)
—细菌基因组DNA提取试剂盒(PS1361)
—病毒基因组DNA/RNA提取试剂(PS1362)
—土壤基因组DNA试剂盒(PS1363)
—粪便基因组DNA提取试剂(PS1364)
—海洋动物基因组DNA提取试剂盒(PS1365)
—游离核酸DNA中量提取试剂盒(PS1366)
—微量/临床基因组DNA快速提取试剂盒(PS1367)
—柱式血液基因组DNA小量提取试剂盒 (0.1-1ml)(PS1368)
—非柱式血液基因组DNA小量提取试剂盒(0.1-1ml)(PS1369)
—唾液DNA提取试剂盒(PS1370)
—口腔拭子基因组DNA提取试剂盒(PS1371)
—新型固定组织基因组DNA提取试剂盒(PS1372)
—DNA/RNA/蛋白共提试剂盒(PS1373)
详细实验方案请登陆http://www.jm-bio.com查看说明书。
限制性酶切
用适当的限制性酶在37 °C消化DNA 2-24 h。如果DNA样品是克隆衍生产物,则1-2小时的消化时间就足够了。对于基因组DNA,通常需要用过量的酶(5-10X)孵育过夜。
如有必要,使用乙醇沉淀法浓缩消化的DNA。在凝胶上分离之前,必须完全除去痕量乙醇。
凝胶电泳
在琼脂糖凝胶上溶解消化的DNA。TAE应该用于较短时间的运行(<4小时)和较大的DNA片段,而TBE应该用于较长时间的运行(> 4小时)和较小的DNA片段(<1kb)。用溴化乙啶染色凝胶,并使用UV透照仪获得凝胶图像。如果在电泳之前将溴化乙啶掺入琼脂糖中,则可以在运行后立即获得凝胶图像。因为溴化乙啶的毒性,我们提供无毒核酸染料红色(PS0533,10000× in DMSO;PS1223,10000× in H2O)和绿色(PS1183,10000× in H2O)
转膜
在转膜步骤中,来自电泳凝胶的DNA(或RNA)将被转移到尼龙膜上,以使探针易于杂交和检测。
—将凝胶转移到含有变性溶液的托盘中,溶液要足以完全覆盖凝胶。用这种溶液洗涤凝胶两次,每次洗涤在摇床上持续25分钟。
—用水冲洗凝胶两次。
—用中和溶液洗涤凝胶两次,每次洗涤在摇床上持续15分钟。
—用水冲洗凝胶两次。
—用20X SSPE在摇床上洗涤凝胶30分钟。
—在上述步骤中,准备用于转膜步骤的Whatman纸和膜。
—切下一条尼龙膜,将其浸泡在水中。切下一条比凝胶宽的Whatman纸,将其浸泡在10X SSPE缓冲液(转膜缓冲液)中。
—切下三条几乎与凝胶大小相同的Whatman纸。
—切下数张几乎与凝胶大小相同的纸巾。
—在含有10X SSPE的托盘上放置一个稳定的平台。
—在平台上放一张saran保鲜膜。在saran保鲜膜上,放一张浸有10X SSPE的Whatman纸。用玻璃棒在它们上面滚动,以把气泡撵出。确保Whatman纸的边缘接触托盘中的—SSPE缓冲液。这张Whatman纸将充当芯子,将SSPE缓冲液向上吸并穿过凝胶,以在尼龙膜上沉淀DNA条带。
—将凝胶面朝下放在湿润的Whatman纸上。将膜放在凝胶上面。用玻璃棒在它们上面滚动,以把气泡撵出。
—在膜上放置三层Whatman纸。用玻璃棒在它们上面滚动,以把气泡撵出。
—在这上面放一叠纸巾,然后放上重物(如玻璃板)。
—让这个组装静置过夜,以完全转移DNA片段。将不超过15kb的DNA片段转移大约需时18小时。
—转移完成后,将印迹放入自动设置的UV交联机中。进行UV交联以使DNA或RNA与尼龙膜共价键合,这在检测期间增强杂交信号。另一个选择是在转膜后烘干膜,这使—核酸与膜之间形成非共价的半永久键合。DNA不能与硝酸纤维素膜进行UV交联,只能烘烤。
预杂交(封闭)
—预杂交(也称为封闭)步骤的作用是最大限度地减少探针对尼龙膜的非特异性附着。鲑鱼精子DNA(D10069)通常用作封闭剂,用来防止探针粘附到膜上,确保它只与已经转移到膜上的目标DNA条带相互作用。
杂交
DNA的互补链(探针)用于检测应存在于膜上的目标序列。来自两种不同来源的DNA组合形成“杂合”dsDNA,但前提是这两条链是同源的。
—制备1X探针混合物,在37°C水浴中孵育40分钟。
—让探针混合物通过G-25 Sephadex柱,以去除游离标记(未掺入的探针)。
—用液体闪烁法确定探针的特异活性。
—将10 mL杂交溶液加热至49°C,向其中加入10-15 X6 cpm的探针,并充分混合。
—将印迹中的预杂交溶液丢弃;在标记的探针中添加杂交溶液。49°C孵育过夜。
—将6X洗涤溶液温热至49°C。将印迹中的杂交溶液丢弃,添加6X洗涤溶液。
—将6X低苛性洗涤溶液加热至49°C。将印迹中的杂交溶液丢弃,添加6X洗涤溶液。低苛性洗涤去除低同源性杂交,以留下高同源性杂交,从而精炼目标DNA样品。
—制备1X高苛性洗涤溶液,并将其加热至49°C。将印迹洗涤约30秒并丢弃洗涤溶液。该步骤使用高苛性溶液去除紧密同源的杂交,以进一步精炼目标DNA。
—使用盖革计数器检查印迹的活性。如果每秒有10-50条具有照射峰值的条带,就是理想的结果。如果背景太高,则用1X洗涤溶液再次清洗印迹。
检测探针
—将印迹放入衬有新的saran保鲜膜的暗盒中,小心地将印迹包好,确保印迹和保鲜膜之间没有气泡。
—将暗盒放入暗室,将X光胶片放在印迹上。锁上暗盒,将其置于-80 °C过夜。在第二天显影。
—可将另一张X光片放在印迹上,并放回-80 °C进行另一次曝光。
NORTHERN印迹实验方案
Northern印迹实验方案类似于Southern印迹实验方案,只是RNA序列是在掺入甲醛的变性琼脂糖凝胶上分离。
RNA分离
哺乳动物细胞或组织和使用总RNA提取试剂。
为了确定RNA的质量和浓度,分别在260 nm和280 nm处读取样品的吸光度。吸光度比值A260/A280为 1.8-2.1 表示 RNA的质量较好。
我们提供多款总RNA提取试剂
—产品编号PS0808,适用范围广泛,可以从动物组织、 植物材料、 各种微生物及培养细胞等样品中提取总RNA。
—产品编号PS1175,是一款免氯仿的RNA提取试剂。与传统 Trizol 提取方法相比,本产品不需要使用氯仿进行分层,操作更简单,且全程可在常温进行。
—产品编号PS1225,本产品更适合和血液的提取RNA。
凝胶电泳
—DNA琼脂糖凝胶电泳使用移液器将样品小心地加入孔中。如果需要,也可加入含有各种大小 RNA 片段(R7020, R7644)的适当标记物。
—琼脂糖凝胶电泳使RNA变性。
转膜
转膜设置、预杂交、杂交和检测的实验方案与Southern blotting相同。
产品推荐
产品编号 | 产品名称 | 质量标准 |
A60072 | 丙烯酰胺 | ≥99%,电泳级 |
C10071 | 酪蛋白钠 来源于牛奶 | 90%(dried basis) |
PS0635 | Denhardt's Solution | 50× |
D10069 | 脱氧核糖核酸 钠盐 | 单链 |
P10033 | 聚蔗糖400 | BR |
PS1356 | 通用型DNA提取试剂盒 | - |
PS1357 | 植物基因组DNA提取试剂盒 | - |
PS1358 | 多糖多酚植物基因组DNA提取试剂 | 离心柱法 |
PS1359 | 真菌基因组DNA提取试剂盒 | - |
PS1360 | 酵母基因组DNA提取试剂盒 | - |
PS1361 | 细菌基因组DNA提取试剂盒 | - |
PS1362 | 病毒基因组DNA/RNA提取试剂 | - |
PS1363 | 土壤基因组DNA试剂盒 | - |
PS1364 | 粪便基因组DNA提取试剂 | - |
PS1365 | 海洋动物基因组DNA提取试剂盒 | - |
PS1366 | 游离核酸DNA中量提取试剂盒 | - |
PS1367 | 微量/临床基因组DNA快速提取试剂盒 | - |
PS1368 | 柱式血液基因组DNA小量提取试剂盒 (0.1-1ml) | - |
PS1369 | 非柱式血液基因组DNA小量提取试剂盒(0.1-1ml) | - |
PS1370 | 唾液DNA提取试剂盒 | - |
PS1371 | 口腔拭子基因组DNA提取试剂盒 | - |
PS1372 | 新型固定组织基因组DNA提取试剂盒 | - |
PS1373 | DNA/RNA/蛋白共提试剂盒 | - |
PS1352 | 变性溶液 | 1× |
PS1355 | 杂交溶液 | 2×,用于Northern and Southern blotting |
PS0538 | MESA buffer | 10× |
PS1353 | 中和溶液 | 1× |
P10014 | 聚乙烯吡咯烷酮 | K30,平均分子量40000 |
PS1354 | 预杂交溶液 | 2×,用于Northern and Southern blotting |
PS0573 | SSC缓冲液 | 20×,pH:7.0 |
PS0574 | SSPE缓冲液 | 20×,pH:7.4 |
PS0808 | 总RNA提取试剂 | - |
PS1175 | 总RNA提取试剂 | 免氯仿 |
PS1225 | 总RNA提取试剂 LS | - |
PS0619 | TAE缓冲液 | 50× |
PS0397 | TBE缓冲液 | 50× |
A10065 | 琼脂糖 | EE0≤0.5% |
F50008 | 甲醛溶液 | 分子生物学级,≥36% in H20,含10%-15%的甲醇稳定剂 |
PS1223 | 核酸染料red | 10000× in H2O |
PS0533 | 核酸染料red | 10000× in DMSO |
PS1183 | 核酸染料Green | 10000× in H2O |
E60004 | 溴化乙啶 | 分子生物学级 |
PS0970 | RNA上样缓冲液 | 5× |
P10132 | 派洛宁Y | Dye content ≥50% |
B10010 | 溴酚蓝 | IND |
X70002 | 二甲苯青FF | 生物技术级 |
PS1149 | 无酶无菌水 | - |
M70194 | N,N′-亚甲基双丙烯酰胺 | ≥99%,电泳级 |
PS0008 | 丙烯酰胺/甲叉溶液 | 30%,29:1 |
PS1137 | 过硫酸铵 | 10% |
T20005 | TEMED | ≥99.5%,生物技术级,适用于电泳 |
B10006 | 白蛋白 来源于牛血清 | ≥97% |
B15113 | 白蛋白 来源于牛血清 | ≥98%,low endotoxin,protease free, IgG free, fatty acid free |
S20006 | 氢氧化钠 | ≥96%,AR |
PS1193 | 氢氧化钠溶液 | 0.5M in H2O(2%) |